Una vez localizado el paquete que se desea instalar en el Listado de paquetes, pulsando el botón izquierdo sobre dicho paquete y posteriormente el botón derecho, aparecerán distintas opciones según sea el caso. En el ejemplo, se ha seleccionado el paquete nagios3 y en el menú contextual aparece la opción Marcar para instalar, tal como se muestra en la figura:
Si un paquete tiene dependencias, y los paquetes de los que depende no están instalados previamente, Synaptic indicará que deben marcarse para instalar también todos aquellos paquetes necesarios, tal y como se muestra:
Nota: El sistema de dependencias permite mantener una estructura sobre los programas instalados en el sistema evitando que al ir a instalar un programa falten otros programas o bibliotecas necesarias para su correcto funcionamiento. En el caso de que no se puedan cumplir dichas dependencias no se podrá instalar el paquete y por lo tanto no se podrá ejecutar el programa.
Al pulsar el botón Marcar, todos los paquetes de los que depende el paquete que desea instalar aparecen marcados para instalar. tal como indica la siguiente figura: